突然遭遇失败的空中秋千运动员、有极度恐高证的小流氓、有妄想证且自我感觉过分良好的模特……像这些抱着各种烦恼的病人，不断地拜访伊良部综合医院。在这里担任心理治疗的是院长的儿子伊良部一郎，他的助手是拥有F-CUP的性感护士真由美。对待病人，伊良部向他们注射不明所以的药水，给他们提出同治疗两字贴不上边的建议，为此他们都感到很迷惑。那么究竟这些病人能否医好心病，重拾健康呢？
“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝纳找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。 “现实世界”，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有“花媚”之称的感谢神奇宝贝洁咪。被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳的战斗的洁咪在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的洁咪前往神奇宝贝中心。 洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花(グラシデア)花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉洁咪的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。 从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的反转世界。 就在这时，骑拉帝纳突然出现，向洁咪发动攻击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却传来制止之声。说话者是名叫穆玄·葛雷斯蓝多的学者，他告诉小智等人不可以让骑拉帝纳生气。 正在小智一行在穆玄·葛雷斯蓝多的帮助下向现实世界回返之时，企图利用骑拉帝纳的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰“百万力霸”的谜之青年，杰洛出现了。和洁咪一起继续着探索花园之旅的小智一行没能逃过杰洛的追踪。 前所未有的冒险之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“美丽奇迹”!
此為TV版動畫第三部，從1997年4月4日至1997年9月26日放映，全26話。 此作完全脫離原作，為動畫原創故事，原創的角色也很多。由於是動畫原創，部分設定和原作設定相矛盾，並且原本的主角：莉娜等人的存在變成了半個旁觀者。故事走向太過於沉重路線，和原作原本的作風相距甚遠，所以沒有受到與前二作相等的評價。
人人都有不愿对他人露出的一面。 这是一个情报战的年代，全球各国都全力参与其中，表面上却不动声色。 东国和西国已陷入冷战长达十多年。“黄昏”是一名顶尖间谍，隶属西国专门对付东国的情报局 WISE。他奉命执行一项秘密任务：追踪东国国家统一党党魁唐纳文‧戴斯蒙德的一举一动。这名危险人物为东西两国间的和平构成重重威胁。 这场行动代号是“枭”。黄昏必须在一个星期内组织家庭，潜入戴斯蒙德儿子就读的名校，参加他们的日常社交聚会。他假扮成精神科医生洛伊德‧佛杰，迅速组成家庭，一切照计划进行，不料他的“女儿”安妮亚竟有读心术，“妻子”约儿更是个杀手！ 志同道合、互相隐瞒真实身份的三人就这么住在一块。 维持世界和平的重责大任落在这个临时家庭的手上。事情的发展，无可预期！
