工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
第1回「君が好きだから」（著：井上美珠） 第2回「溺愛デイズ」（著：槇原まき） 第3回「愛されるのもお仕事ですかっ！？」（著：栢野すばる） 第4回「待ち焦がれたハッピーエンド」（著：吉桜美貴） 第5回「野良猫は愛に溺れる」（著：桜朱理） 第6回「暴走プロポーズは極甘仕立て」（著：冬野まゆ） 第7回「プリンの田中さんはケダモノ。」（著：雪兎ざっく） 第8回「冷酷CEOは秘書に溺れるか？」（著：流月るる） 第9回「総務部の丸山さん、イケメン社長に溺愛される」（著：有允ひろみ） 第10回「152センチ62キロの恋人」（著：高倉碧依） 第11回「私と彼のお見合い事情」（著：幸村真桜） 第12回「4番目の許婚候補」（著：富樫聖夜）
