在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
心怀对同伴的思念，向自己所相信的道路前进！ 经历了与黑暗公会“冥府之门”的激斗，以及与养育之亲“火龙伊格尼尔”的悲哀离别， 纳兹为了变得更强而与伙伴哈比一同踏上修行之旅。 另一方面，“妖精的尾巴”会长马卡洛夫突然下达了公会解散命令，自己也隐藏了行踪。 此后约1年，露西一边做着见习记者的工作，一边收集着散落大陆各处的旧时同伴的情报。 之后，在一年一度的“大魔斗演武”进行取材的某天，结束了修行的纳兹出现在露西面前！ 宣告魔导士公会“妖精的尾巴”的复活，怀着同样的信念，纳兹、露西、哈比的寻找同伴之旅开始了！！
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」，已过了十多年。觉醒了特殊能力，被称为「猎人」的人们，与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间，其等级也不会再有变化。然而，被称作是人类最弱兵器的程肖宇，在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力，得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务，得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇，为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材，而投身于新的战斗之中。
迅速解决震惊社会的困难案件！名侦探之名为名云桂一郎！……但那却已经是10多年以前的事了。他现在已经变成一个普通的邋遢大叔…… 一个青春洋溢的女高中生──真白，主动找上被时代的潮流遗忘，连智能型手机都不会用的名云，表示想当他的助手──!? 请看这对由世代差异交织而成的奇迹组合!!
故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了挑战。
主人公和怪物伙伴们展开的热血友情成长的冒险故事。
