工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
STAFF 原作：「チーズスイートホーム」／著作者：こなみかなた（講談社『モーニング』連載） アニメーション制作：マッドハウス 企画：古川公平／丸山正雄 監督：増原光幸『夢使い』 シリーズ構成：金春智子『劇場版それいけ！アンパンマンシリーズ』 アニメーションキャラクター原案：浅香守生『カードキャプターさくらシリーズ』 アニメーションキャラクターデザイン：小林明美『ふしぎ星の☆ふたご姫』 音響監督：藤山房伸『ピアノの森』 美術監督：勝井和子『超時空要塞マクロス』 色彩設計：大野春恵『逆境無頼カイジ』 撮影チーフ：石塚恵子 編集：木村佳史子『東京ゴッドファーザーズ』 CAST チー：こおろぎさとみ ヨウヘイ：小桜エツ子 お母さん：日高のり子 お父さん：木内秀信
山田西南是个从出生以来就深受不幸之星眷顾的少年,他所在之处不仅是他会倒霉,连其他人也会跟着一起倒霉。有一天,在经过学长正木天地家的时候,照例卷入一次意外,到了最后……竟然进入宇宙。
