原本期望能成为魔法少女的女主柊舞缇娜，某天突然遇到像吉祥物的生物，获得能变成邪恶组织女干部的能力，并与原本憧憬的魔法少女们对抗。
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
伴随着“空间震”这一前所未有的灾害，出现了一些称为“精灵”的神秘少女，对于拥有压倒性力量、被称为灾难的她们，数十年间，人类从未停止对抗她们的步伐。 人类通常采取的措施是用武力来歼灭她们，或者是—— “与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“接吻”即可封印其力量，并转化为自己的力量。拥有这种能力的高中生五河士道，为了人类的和平，也为了拯救精灵们，从而展开了和她们之间的“约会”。士道平时要抑制曾将精灵们卷入斗争的强大灵力，有时为了保护她们也会使用这股力量，通过这样的方式，士道把夜刀神十香等精灵们一次次从危机中解救出来，人类和精灵之间的关系以及处理方法也在悄然改变…… 同时，也有一些组织使用与士道所在的”拉塔托斯克“不同的手段，与精灵们对峙。 短暂的平静即将被打破，士道等人的战争（约会）又要开始了——
路德在天界是住在由罪犯的后代所居住的贫民窟里，他从小就被父母抛弃，后来被雷古特抚养长大。路德的双手不知为何有严重的烧伤，于是雷古德给了他一双手套遮住伤痕，而路德也非常珍惜这双手套。路德非常爱惜旧物，常常去天界人垃圾堆捡还可以修补的旧东西。但是有一天，一个神秘人闯入路德家并杀死了雷古特，路德被误认为是凶手，所以被判丢下奈落之刑罚，路德本来以为自己会死，没想到因此来到了下界……
学校では空気な高校生、三森灯河はクラスメイトとともに勇者として異世界に召喚された。 女神ヴィシスによってクラスメイトたちが次々にＳ級、Ａ級と能力を見出される中、灯河は最低ランクであるＥ級と宣言され『廃棄』対象となってしまう。 生存率ゼロの遺跡に廃棄された灯河はハズレ枠と貶された【状態異常スキル】を駆使して遺跡脱出を試みる。 その日から、女神ヴィシスへの復讐の炎を宿した青年は人畜無害な人間をやめ、心の奥底に隠していた本性を明かしていく…… 「はじめようか、生存競争を」
故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。 同样优秀的，还有副会长四宫辉夜（古贺葵 配音），虽然各方面都属拔尖，但她的性格却给人一种冷淡的感觉。实际上，白银和四宫在情感上相互吸引着，只是他们谁都不愿意首先迈出第一步，而是想方设法逼迫对方行动，一转眼半年过去了，两人的关系可谓是毫无进展，这可怎么办呢？
中学时代，暴走族鬼冢英吉和弹间龙二组成的“鬼爆二人组”曾经声名显赫，机车、拳头、鲜血、爱情、友情，构成了他们多彩而起伏的青春。随着年龄增长，青春孟浪的少年也逐渐归于沉寂。龙二和女友小渚合理经营机车修理店，平凡而幸福；英吉则进入一所九流大学混日子，色心高涨的他为了能勾搭高校女生，竟然打算当老师！ 阴差阳错，英吉在训导主任内山田以及理事长的帮助下，成功进入高中执教。在这个问题多多的高中里，英吉不仅要面对性格别扭、怪招不断的学生们，还要时刻提防教师间的倾轧。他这样一个格格不入的家伙，能否在这表面祥和的泥潭中生存呢？
