KERORO剧场版5周年纪念，《超剧场版KERORO军曹 诞生！究极KERORO 奇迹的时空岛》即将启动！在KERORO最新剧场版中，将有阳光海滩、可爱的精灵，神秘的双胞胎和最凶邪灵登场，KERORO军曹将变身究极形态展开前所未有的超级大战。实力派歌手平原绫香也将为本作倾情献声。 一日，冬树收到了一个和KERORO一模一样的石像，为了解开这个秘密，KERORO和冬树开始了前所未有的大冒险……
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
路德在天界是住在由罪犯的后代所居住的贫民窟里，他从小就被父母抛弃，后来被雷古特抚养长大。路德的双手不知为何有严重的烧伤，于是雷古德给了他一双手套遮住伤痕，而路德也非常珍惜这双手套。路德非常爱惜旧物，常常去天界人垃圾堆捡还可以修补的旧东西。但是有一天，一个神秘人闯入路德家并杀死了雷古特，路德被误认为是凶手，所以被判丢下奈落之刑罚，路德本来以为自己会死，没想到因此来到了下界……
春鸟鸫（千菅春香 配音）是一位十四岁的平凡少女，她即将进入著名的死神武器工匠专科学校开始崭新的高中生活，在入校第一天，小鸫就幸运的遇见了EAT的玛嘉（小见川千明 配音），玛嘉送给了小鸫一本书，就此彻底虏获了小鸫的芳心，小鸫甚至因为憧憬玛嘉，而像她一样扎起了双马尾。 多多音美美（悠木碧 配音）是小鸫的室友，个性大大咧咧，呆萌又迟钝，常常连自己的名字都忘记。阿尼娅（早见沙织 配音）是小鸫的另一位室友，样貌高贵美丽的她却对庶民的一切有着狂热的兴趣，虽然个性傲娇却有着意外可爱的一面。三个女孩在学校的精彩生活就此拉开了序幕。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
