自幼感情极好的乙骨忧太与祈本里香约好长大后要结婚，却不料里香因死亡车祸化为强大怨灵依附在忧太身边，为此所苦的忧太一心求死，之后在五条悟的带领下进入咒术高专结识了新同学：禅院真希、狗卷棘与熊猫，他决定在这里找到活下去的自信并解除里香的诅咒。意欲夺取里香强大怨灵力量的夏油杰宣布在12月24日举行「百鬼夜行」，在新宿与京都释出上千个诅咒。面临如此重大浩劫，忧太能否阻止夏油的野心并解开里香的诅咒？
高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活，但是，他却能看到妖怪，并因此而苦恼。很多次，他都差点被妖怪夺去性命。 一次偶然的机会，夏目巧遇猫神。猫神告诉他，夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字，玲子死后，妖怪为夺回名字，才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们，夏目才能恢复宁静的生活。 为了回到宁静的生活，夏目与猫神拿着“友人帐”开始了寻妖之旅，一段段关于妖怪的感人故事，就这样被引出。
时间是第一次拉达姆之战过后十年，人类已掌握铁加曼系统，并以第一次拉达姆之战中被素体化的人类为基础，着手重建铁加曼系统。而拉达姆不甘心上次的失败，派遣大量舰队驶向地球，在太阳系外围与地球防卫军展开激战。同时，为了对抗新的敌人，宇宙骑士队重组，并着手制造新的铁加曼。第二部中，由美，大卫，娜塔沙作为新的主角登场，而亚纪则成为新的宇宙骑士队队长，我们第一部的英雄D-BOY作为宇宙骑士队的灵魂，为人所知的仅是十年前一战与月球基地同时消失于天际这一残酷的事实。而故事即由此展开。
