数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
以沉默的出租车司机「小户川」为主角，故事围绕在他与各种性格古怪的乘客之间，最终将联系到一名高中少女失踪的真相。
在校园里，兵藤一诚（尾裕贵 配音）“大色狼”的“美名”广为流传，托它的福，一诚至今任然过着没有女朋友的孤苦生活。这注定是不寻常的一日，首先，一诚居然收到了来自美少女的告白；然后，当一诚正准备开始他梦寐以求的幸福约会时，他被果断的杀死了！当一诚再次睁开眼时，面前的红发女子告诉一诚，是她复活了已经死去的他，并且从今天开始，他将成为她的奴仆。 红发女子名叫莉雅丝（日笠阳子 配音），其真实身份是一名恶魔。袭击一诚的女子隶属“堕天使”的行列，从莉雅丝口中的“战争”和“神器”等艰涩的名词，以及接连不断的，来自于堕天使们的攻击中，一诚知道，自己单纯快乐的校园生活即将画上句点。
百年战争，血海横流。经过无数次的战场杀戮，曾经认为单凭自己的力量便能在乱世生存的格斯（岩永洋昭 配音）逐渐和卡斯嘉等战友们建立起深厚的信任感和友谊。他所依附的佣兵部队“鹰之团”更是扶摇直上，凭借朝强大的战斗力成为了米特兰王国的正规军。与此同时，米特兰准备向尤达王国铜墙铁壁一般的致命要塞多尔多雷发动总攻。格里菲斯主动请缨出征，走出了决定百年战争战局至关重要的一步。然而一度令格斯甘愿弄脏双手的“鹰之团”队长格里菲斯（樱井孝宏 配音），却似乎在荣耀的光环下慢慢变质。宫闱之争，心与心渐次遥远…… 本片根据漫画家三浦健太郎的同名原作改编，为“黄金时代”三部曲第二部，其他两部为《霸王之卵》、《降临》。
